Ιδρύθηκε το 1926 ως «Παναργειακός Σύλλογος Εθνικής Φυσικής Αγωγής». Επικεφαλής της ιστορικής αυτής κίνησης ο λογοτέχνης Γεώργιος Λογοθέτης, που είχε εγκατασταθεί στο Άργος από το 1923 προερχόμενος από τις Σπέτσες. Από το 1926 ως το 1933 συμμετέχει μόνο σε φιλικούς αγώνες. Το 1933 ο Παναργειακός αδρανοποιείται και επαναδραστηριοποιείται το 1945 ως «Αθλητικός Όμιλος Άργους Νέος Παναργειακός». Το 1947 συμμετέχει για πρώτη φορά σε επίσημη διοργάνωση, αφού εν τω μεταξύ έχει γίνει μέλος της Ε.Π.Σ. Αργολιδοκορινθίας. Το 1963 υπήρξε ιδρυτικός σύλλογος της Ε.Π.Σ. Αργολίδας, η οποία ιδρύθηκε επίσημα το 1964.
Το 1957, ως πρωταθλητής Αργολιδοκορινθίας 1956-57, συμμετείχε στον Νότιο Όμιλο του Περιφερειακού Πρωταθλήματος με αντιπάλους τους ΟΦΗ, Παναχαϊκή και Ολυμπιακό Χαλκίδας, από τους οποίους και κατάφερε να κερδίσει την ιστορική συμμετοχή του στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα του 1957 που διεξήχθη με δέκα ομάδες: από την Αθήνα τους Παναθηναϊκό, Απόλλωνα και Πανιώνιο, από τον Πειραιά τους Ολυμπιακό, Εθνικό και Προοδευτική, από την Θεσσαλονίκη τους Άρη και ΠΑΟΚ και την πρωταθλήτρια του Βορείου Ομίλου του Περιφερειακού Πρωταθλήματος, Δόξα Δράμας.
Ο Παναργειακός αγωνίστηκε στο πρωτάθλημα της Β΄ Εθνικής, ποτέ όμως δεν κατάφερε να πετύχει τη συμμετοχή στο πρωτάθλημα της Α’ Εθνικής. Στην Β’ Εθνική εμφανίστηκε αρχικά τη δεκαετία του ’60, όπου και αγωνίστηκε τις χρονιές 1965-66 και 1966-67[4] και τη δεκαετία του 1970, όπου και αγωνίστηκε συνεχώς από τη χρονιά 1970-71 μέχρι και τη χρονιά 1974-75.[5] Αγωνίστηκε εκ νέου στην Β’ Εθνική τη σεζόν 1981-82, καθώς και τη δεκαετία του ’90, όπου αγωνίστηκε συνεχώς από τη χρονιά 1990-91 μέχρι και τη χρονιά 1997-98.[6] Το 1992-93 πλησίασε την άνοδο στην Α’ Εθνική, καθώς τερμάτισε στην 4η θέση πίσω από τον Πανιώνιο, με μόλις 1 βαθμό διαφορά από την τρίτη θέση που οδηγούσε στην άνοδο.
Έκτοτε, συμμετείχε είτε στο τοπικό πρωτάθλημα Αργολίδας, είτε στα πρωταθλήματα της Γ΄Εθνικής και της Δ΄ Εθνικής, παραμένοντας όμως ο πιο αγαπητός σύλλογος για τους Αργείους φιλάθλους. Το 2005 κατέκτησε το πρωτάθλημα τοπικού Αργολίδας και ανέβηκε στην Δ΄ Εθνική. Το 2008 ο Παναργειακός κατέκτησε το πρωτάθλημα στον 7ο όμιλο της Δ΄ Εθνικής της σεζόν 2007-08, το Κύπελλο Αργολίδας και επίσης το Κύπελλο Ελλάδας Ερασιτεχνών, όπου νίκησε στον τελικό της Λαμίας τη Νίκη Πολυγύρου με 3-0 στην παράταση, πετυχαίνοντας έτσι τρεμπλ τίτλων.
Στην Γ΄ Εθνική αγωνίστηκε για 2 χρονιές χωρίς επιτυχία και το 2010 υποβιβάστηκε ξανά στη Δ΄ Εθνική. Τη σεζόν 2012 -2013 κατακτώντας τη 4η θέση στον 7ο όμιλο της Δ΄ Εθνικής προβιβάστηκε εκ νέου στη Γ΄ Εθνική. Από τη σεζόν 2013-14 αγωνίστηκε στο πρωτάθλημα της ερασιτεχνικής πλέον Γ΄ Εθνικής, μέχρι και τη σεζόν 2019-20 που υποβιβάστηκε στην Α1 Κατηγορία της Ε.Π.Σ. Αργολίδας.[10] Τη σεζόν 2021-22 αναδείχθηκε πρωταθλητής Ε.Π.Σ. Αργολίδας, κατακτώντας αήττητος το πρωτάθλημα με μόνο 2 ισοπαλίες[11] και προκρίθηκε στο ειδικό πρωτάθλημα ανόδου για την άνοδο στην Γ΄ Εθνική.
Τη φανέλα της ομάδας έχουν φορέσει κατά το παρελθόν παίκτες με μεγάλη καριέρα στην Α΄ Εθνική κατηγορία όπως ο Γιώργος Δώνης (ΠΑΟ,ΑΕΚ, εξωτερικό), ο Ανδρέας Μπονόβας (Ολυμπιακός, Γιάννενα, Ηρακλής), ο Βασίλης Κούβαλης (Άρης, Πανιώνιος), ο Δημήτρης Καπετανόπουλος (ΠΑΟΚ, Ηρακλής, Καλαμάτα, Καστοριά), ο Γιάννης Βονόρτας (ΠΑΟ), ο Χριστόφορος (Μπλένταρ) Κόλα (Απόλλων, ΠΑΟ, ΑΕΚ), ο Γκάμπριελ Λετιέρι (Ιωνικός), ο Μάριο Μπρέσκα (Πανιώνιος), ο Γιάννης Χλωρός (Τρίκαλα, Αιγάλεω, Λάρισα, Ηρακλής), ο Γιάννης Δουβίκας (Καλαμάτα), ο Γιάννης Κατεμής (Χαλκηδόνα, Ατρόμητος), ο Πέτρος Κοντέων (Ηρακλής), ο Κώστας Μενδρινός (Εθνική Ελπίδων, ΟΣΦΠ, Γιάννενα, Πανιώνιος, Άρης, Πλατανιάς), ο Ματθαίος Μαρουκάκης (Πανιώνιος) και οι τερματοφύλακες Νίκος Κωστάκης (Πανιώνιος, Ακράτητος, Θρασύβουλος), Ευγένιος Πηνιώτης (Απόλλων Καλαμαριάς) και Σωκράτης Κοψαχείλης (Ολυμπιακός, Πανηλειακός, Ιωνικός).
Επίσης από τον σύλλογο πέρασαν πολλοί ποδοσφαιριστές στην Β΄ Εθνική και Γ΄ Εθνική, όπως οι: Μανώλης Γιάννης, Φίλης Σπύρος, Μπατάκος Δημήτρης, Μπουκάρας Νίκος, Ντα Σίλβα Εντουάρντο, Καπαγερίδης Σάββας, Κουλιανόπουλος Ηλίας, Καράμπελας Γιώργος, Θώδης Δημήτρης, Παππάς Παντελής, Κολιάκος Παντελής.
Στον πάγκο της ομάδας κάθισαν πολλοί καταξιωμένοι προπονητές, όπως ο Άγγελος Αναστασιάδης, ο Γιάννης Κυράστας, ο Χρήστος Αρχοντίδης, ο Νίκος Καρούλιας, ο Νίκος Γαβριηλίδης, ο Στάθης Σταθόπουλος, ο Νίκος Κόβης, ο Νίκος Αλέφαντος, ο Πέτρος Λεβεντάκος, ο Κώστας Καραπατής και άλλοι.
Τον Αύγουστο του 2012 για πρώτη φορά στην ιστορία του συλλόγου δημιουργείται δεύτερη ομάδα, οι Νέοι Παναργειακού οι οποίοι προέρχονται από ακαδημίες της ευρύτερης περιοχής και αγωνίζονται στο τοπικό πρωτάθλημα της Α2΄ Κατηγορίας. Δυστυχώς η προσπάθεια αυτή σταμάτησε μετά από ένα – δυο χρόνια.
